Биоинформатика и моделирование лекарственных препаратов являются одними из самых быстрорастущих областей знаний, где существует острая необходимость использования высокопроизводительных вычислений на суперкомпьютерах. Актуальность исследований, проводимых на базе лаборатории I-SCALARE, состоит в том, что прорывы в сфере новых методов медицинской диагностики, лечения, создания новых лекарств и т. д. возможны только с развитием новых вычислительных моделей и платформ, учитывающих специфику био-медико-фармацевтических задач. Совместная реализация этого проекта сотрудниками МТФИ, специалистами корпорации Intel и группы компаний РСК, несомненно, позволяет вывести исследования в данной области на новый уровень.
Контракт на текущее расширение суперкомпьютера в лаборатории I-SCALARE был заключен между компанией «РСК Технологии» (входящей в группу компаний РСК) и МФТИ в июле. Обновленный суперкомпьютер в МФТИ будет введен в строй в этом году. Модернизированный кластер будет состоять из двух вычислительных стоек, содержащих в сумме 224 вычислительных узла на базе двух процессоров нового поколения Intel Xeon E5-2690 каждый (всего 448 процессоров, 3584 ядра). Использование самых высокопроизводительных моделей процессоров нового серверного семейства Intel Xeon E5-2600 стало возможным именно благодаря применению передового жидкостного охлаждения, являющего основой архитектуры «РСК Торнадо». При этом обеспечивается поддержка большого объема оперативной памяти на один узел — 64 ГБ, что суммарно составляет 14,3 ТБ ОЗУ для всей системы.
Суперкомпьютер в МФТИ был разработан на базе архитектуры «РСК Торнадо» и реализован в рамках продуктовой линейки «РСК миниЦОД», что позволило обеспечить очень большую гибкость и линейную масштабируемость данного решения — с момента создания этот вычислительный кластер фактически уже прошел два этапа модернизации, при этом его производительность вырастет более чем в 33 раза (со времени установки первой пилотной системы) при занимаемой площади менее чем 4 кв. м.
За время использования суперкомпьютера в лаборатории I-SCALARE уже достигнут целый ряд новых научных результатов. Например, исследовательская группа под руководством профессора Романа Ефремова при Институте биоорганической химии РАН использует вычислительный кластер в МФТИ для исследования в области конструирования нового класса антимикробных соединений на основе природных лантибиотиков. Задачи моделирования структуры белковой оболочки и молекулярной динамики опасных для человека вирусов типа Flavivirus (например, вируса лихорадки Денге) и процессов их взаимодействия с клетками организма решаются на суперкомпьютере лаборатории I-SCALARE учеными исследовательской группы химического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова под руководством академика Н. С. Зефирова.
